BLOSUM- Blocks Substitution Matrix

Proteinlerin karşılaştırılmasıyla elde edilen blokların, değişim frekanslarının gözlemlenmesi sonucu oluşan matrislerdir.

Aslında Blosum, matris hizalamada bir prosedürdür.

Evrimsel açıdan birbirine en yakın iki organizma arasındaki benzerliklere, matrisler hazırlanırken yüksek skorlar verilir.

Yani Blosumda skor ne kadar yüksekse benzerlik o kadar güçlüdür.

Her matris, özel olan evrimsel uzaklığa uyarlanır.

Blosum matrisi daha çok  bazlar arasındaki yada DNA ve RNA'ların protein dizilimlerinin hizalanmasında kullanılır. 

Örneğin; BLOSUM80, %80 benzerlik tablosunu gösterirken BLOSUM45 %45 oranındaki benzerliği ifade eder.

Bu durumda birbirine yakın iki türün  protein diziliminin hizalanmasında Blosum80 kullanılırken birbirine uzak iki türün protein diziliminin hizalanmasında da Blosum45 kullanılır.

Yakınlık yada uzaklık durumlarının tam olarak belirlenemediği durumlarda ise BLOSUM62 kullanılır.

BLOSUM62' de BLAST algoritması denilen aminoasit benzerlik tablosu kullanılır. Bu tablodaki puan değerleri oldukça makuldür.

BLOSUM62'de puanların hesaplanması iki temele dayanır ; 

1)Bir amino asidin karşısına başka bir amino asidin ne oranda geldiği,

2)Amino asidi ortamda görme sıklığımızıdır.

Buna göre de bir amino asit ortamda ne kadar az sıklıkta görülürse BLOSUM62 de değeri o kadar artar.

-En seyrak görülen amino asit Tryptophane'dir.

BLOSUM62 tablosunda Tryptophane karşısına yine bir Tryptophane geliyorsa bu dizilime 11 puan verilir.